Podstawowymi celami i zadaniami ZPA PharmaNET jest reprezentowanie i ochrona społecznych, socjalnych, ekonomicznych i gospodarczych interesów zrzeszonych w nim przedsiębiorców aptecznych oraz współpraca mająca na celu obniżenie kosztów leczenia, wprowadzenie nowoczesnej opieki zdrowotnej oraz wspieranie opieki farmaceutycznej świadczonej w aptekach dla pacjentów wobec związków zawodowych, organów władzy i administracji rządowej oraz organów samorządu terytorialnego.